Naumburg liegt im Süden des Bundeslandes Sachsen-Anhalt in zentraler Lage zwischen dem Chemiedreieck Halle-Dessau-Wolfen und den Technologie- und Innovationszentren Halle, Leipzig, Erfurt und Jena.
Unweit von Naumburg befindet sich der Autobahnanschluß an die A 9 Berlin – Nürnberg (Autobahnabfahrt Osterfeld/Naumburg). Es besteht eine günstige Verbindung zum Autobahnkreuz Hermsdorf (A 9 – A 4) sowie zum Schkeuditzer Kreuz (A 9 – A 14). Die durch Naumburg verlaufende Bundesstraße 87 verbindet die Stadt mit dem Großflughafen Leipzig/Halle sowie dem Flughafen Erfurt. In Naumburg kreuzen sich die Bundesstraßen 180 und 88.
Naumburg ist an den Eisenbahnstrecken Berlin – Halle/Leipzig – München und der Ost-West-Verbindung Warschau – Leipzig – Frankfurt/M. – Paris gelegen. In Naumburg besteht Anschluß an verschiedene Intercity- und Interregio-Züge.
